Różnorodność niemieckiego systemu naukowo-badawczego i innowacyjnego odzwierciedla się także w sposobie jego finansowania.

I tak na przykład instytucje publiczne finansowane są nie tylko ze źródeł państwowych, lecz również przy udziale innych środków – w tym pochodzących z gospodarki. Prywatne prace naukowo-badawcze natomiast wspierane są po części również ze środków publicznych. Ponadto w krajobrazie naukowo-badawczym Niemiec istotne są również Ramowe Programy Badań Naukowych Komisji Europejskiej.

Udział wydatków na badania i rozwój wynosił w Niemczech w 2011 r. 2,88% produktu krajowego brutto, jest to 74,6 mld euro.

Ustrój federalny Republiki Federalnej Niemiec stwarza zarówno federacji jak i landom możliwości finansowania niemieckich badań naukowych bez potrzeby uchwalania odrębnych ustaw o wspieraniu badań.

Federacja i landy współpracują ze sobą przy udzielaniu wsparcia instytucjom i programom naukowo-badawczym, które mają znaczenie ponadregionalne. Jest to związane z ich wspólną odpowiedzialnością za badania, co w wielu wypadkach wymaga skoordynowanych działań i uwzględnienia interesu ogólnopaństwowego.

Cały szereg fundacji wnosi w Niemczech cenny wkład do ugruntowania wysokiej jakości nauki i badań.

Wspólnym przedsięwzięciem środowisk gospodarczych na rzecz promocji niemieckiej nauki i badań naukowych jest Stowarzyszenie Fundatorów na Rzecz Nauki Niemieckiej (Stifterverband für die Deutsche Wissenschaft e.V). Pod swoją egidą ma ono około 450 fundacji i zarządza majątkiem w wysokości 2,35 mld euro. Lecz także inne duże fundacje niemieckie – jak na przykład Fundacja im. Roberta Boscha, Fundacja Volkswagena, Niemiecka Fundacja Federalna Środowiska, Fundacja Klausa Tschiry, Fundacja Bertelsmanna oraz Niemiecka Fundacja Badań nad Pokojem – wspierają projekty wzgl. instytuty z różnych dziedzin nauki.